Além de integrarem os grupos de pesquisa, os pesquisadores do ICMC atuam nos seguintes centros de pesquisa e projetos em rede:
- Centro de Pesquisa e Inovação Especial, denominado Centro de Ciências Matemáticas Aplicadas à Indústria (CEPIx-CeMEAI) * (alterado pela Resolução USP nº 8774, de 25.03.2025)
- Centro de Competência em Open Source (CCOS-ICMC) *(alterado pela Resolução USP nº 8106, de 05.07.2021)
- Núcleo de Apoio à Pesquisa de Aprendizado de Máquina em Análise de Dados - NAP-AMDA *
- Centro de Inteligência Artificial (C4AI) *
- Centro de Pesquisa Aplicada em Inteligência Artificial Recriando Ambientes (CPA IARA) *
- Centro de Robótica de São Carlos - CRob/SC
- Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia de Matemática - INCTMat
- Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia para Sistemas Autônomos Cooperativos (InSAC)
- Núcleo de Apoio à Pesquisa em Software Livre - NAPSoL - DESATIVADO (pela Resolução CoPq-7.663, de 25.07.2019)
* sediados no ICMC
